"Membentuk Generasi Muslim yang Kafah, Yaitu generasi yang memahami, menghayati dan mengamalkan ajaran Islam secara totalitas"

Untuk mencapai Visi tersebut di atas maka misi yang telah ditetapkan dan hendak dituju oleh Pesantren Al- Fathimiyah adalah :

1. Meneyelenggarakan proses pendidikan yang berciri khas Islam dalam usaha mencerdaskan kehidapan bangsa.
2. Meningkatkan SDM yang berkualitas, sehingga mampu menciptakan susana kegiatan Belajar Mengajar ( KBM ) yang kondusif.
3. membekali santri dengan ilmu pengetahuan yang relavan, keterampilan yang memadai dan atau karakter yang dapat diandalkan

D. TUJUAN

Menciptakan lulusan (output) Pondok Pesantren Al-Fathimiayah yang memiliki pemahaman, penghayatan dan pengalaman ajaran Islam dan memiliki dasar ilmu pengetahuan umum dan teknologi yang cukup memadai untuk mewujudkan manusia yang berkualitas yang dilandasi iman dan takwa keapda Allah SWT.